Kaupunkiakatemian toiminta on päättynyt vuoden 2024 alussa.
Kaupunkiakatemian toiminnan suunnittelu aloitettiin vuonna 2012 Helsingin yliopiston aloitteesta. Vuonna 2014 käynnistettiin Helsingin yliopiston ja Aalto-yliopiston yhteinen Kaupunkiakatemia-sivuainekokonaisuus. Se oli yliopistojen opetusohjelmassa vuosina 2014-2017, jonka jälkeen monitieistä opetusohjelmayhteistyötä yliopistojen välillä on jatkettu Urban Studies & Planning –maisteriohjelmassa.
Vuonna 2015 Helsingin kaupunki, Helsingin yliopisto ja Aalto-yliopisto sopivat kaupunkitutkimuksen ja kaupunkikehittämisen välisen vuorovaikutuksen kehittämisestä Kaupunkiakatemia-yhteistyöllä. Vuosiksi 2016-2018 Kaupunkiakatemialle palkattiin koordinaattori, joka työskenteli kaikissa kolmessa kumppaniorganisaatiossa.
Kaupunkiakatemiaa ennen pääkaupunkiseudun kaupunkitutkimusyhteistyö oli organisoitu Kaupunkitutkimus- ja metropolipolitiikka -tutkimus ja yhteistyöohjelman kautta. KAtuMetro-ohjelma toimi kaksi kautta metropolialueella vuosina 2010-2014 ja 2015-2018. Se oli metropolialueen korkeakoulujen, kaupunkien sekä kahden ministeriön välinen tutkimus- ja yhteistyöohjelma, jonka tavoitteena oli edistää monitieteistä, korkeatasoista ja metropolialueen erityispiirteistä lähtevää kaupunkitutkimusta sekä siihen tukeutuvaa kehittämistoimintaa. Toiseen ohjelmakauteen osallistuivat Helsingin yliopisto, Hanken, Arcada-, Haaga-Helia-, Lamk-,Metropolia-, Hamk- ja Humak -ammattikorkeakoulut, Helsingin, Espoon, Vantaan ja Lahden kaupungit sekä Ympäristöministeriö ja Valtiovarainministeriö.
Vuonna 2018 Helsingin yliopistolla aloitti toimintansa Kaupunkitutkimusinstituutti Urbaria, joka kokoaa ja edistää Helsingin yliopistossa tehtävää kaupunkitutkimusta. Monitieteisen kaupunkitutkimustoiminnan kehittämiseksi Helsingin, Espoon ja Vantaan kaupungit päättivät rahoittaa vuosiksi 2018-2023 kaupunkitutkimuksen tutkijatohtoreiden paikkoja Helsingin yliopistossa ja Aalto-yliopistossa. Rahoitusta on noin kuudelle tutkijalle vuosittain, ja paikat täytetään avoimena hakuna yliopistojen rekrytointiprosessien mukaisesti. Samanaikaisesti kaupungit myönsivät rahoituksen myös uudelle kaupunkitaloustieteen professuurille Aalto-yliopistoon.
Vuonna 2019 toiminta laajeni Espooseen ja Vantaalle, ja Kaupunkiakatemialle palkattiin toinen työntekijä. Sopimuskaudella 2019-2023 Kaupunkiakatemia on Aalto-yliopiston, Helsingin yliopiston, Espoon, Helsingin ja Vantaan kaupunkien yhteistyöalusta, jonka käytännön työtä koordinoivat projektipäällikkö ja suunnittelija.
Kaupunkiakatemialla on ollut keskeinen rooli Suomen ensimmäisen monitieteisen, yliopistojen välisen, kaupunkitutkimuksen ja –suunnittelun maisteriohjelman käynnistämisessä sekä Helsingin yliopiston Kaupunkitutkimusinstituutin toimintojen kehittämisessä. Toimintavuosiensa aikana Kaupunkiakatemia on myös aktiivisesti vienyt kaupunkitutkimusta osaksi kaupunkien kehittämistyötä ja välittänyt kaupunkien ajankohtaisia tietotarpeita tutkijoille.
